Poniżej znajdują się wszystkie zagadnienia z modelowania molekularnego obejmujące problemy chemii obliczeniowej, spektroskopii, katalizy. Informacje nie są usystematyzowane, możesz przeszukać je, przeglądając artykuły. Materiały te powstały podczas Praktycznych szkół Modelowania Molekularnego i są oferowane nie odpłatnie. Jeżeli chcesz, dostępne są dwie książki do pobrania w naszym innym serwisie rozwijanym z pasji do popularyzacji wiedzy i chęci przekazania tej pasji dzieciom.
Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych
Sporządzenie pełnego profilu energetycznego reakcji chemicznej, wraz z kluczowymi produktami pośrednimi oraz stanami przejściowymi, jest dla badaczy nie lada wyzwaniem. Obecnie żaden algorytm zaimplementowany w dostępnym oprogramowaniu do modelowania molekularnego, nie daje użytkownikowi wprost ścieżki modelowanej reakcji, począwszy od substratów poprzez produkty pośrednie a skończywszy na produkcie końcowym. W procedurach modelowania mechanizmów reakcji konieczna jest wiedza chemiczna pozwalająca na racjonalne zaprojektowanie wszystkich etapów potencjalnej ścieżki reakcji. Niezwykle pomocnym narzędziem w tych obliczeniach może okazać się program Gaussian, który dostarcza użytkownikowi wiele metod (QS, QST2, QST3, TS), służących do obliczania między innymi: stanów przejściowych na podstawie struktur, które są zbliżone do: samego stanu przejściowego, substratów, produktów czy też produktów pośrednich. Pomimo tego, że modelowanie mechanizmów reakcji nie jest łatwe, to nie należy się zrażać, trzeba bowiem pamiętać, że cierpliwa praca daje w końcu upragnione rezultaty. Poniżej chcieliśmy zaproponować kilka etapów, które naszym zadaniem są niezbędne podczas modelowania mechanizmów reakcji chemicznych.
Wersja lektora:
Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu się na stronach www.molnet.eu pod adresem
Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego
Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital)
Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody
Modelowanie molekularne to technika obliczeniowa, która wykorzystuje zasady fizyki i chemii do symulowania zachowań cząsteczek i interakcji między nimi. Modelowanie molekularne umożliwia przewidywania i tłumaczenie obserwowanych zjawisk. Jest ono także ważnym narzędziem w dziedzinie chemii, biologii, farmakologii, ochrony środowiska, oraz innych nauk przyrodniczych.
Portal molnet.eu od samego początku 2008 prezentował informacje przydatne w tej dziedzinie nauki. Robiliśmy także praktyczne szkolenia molekularne, wydawaliśmy książki i inne materiały. Obecnie materiały po przebudowie można znaleźć jako fragmenty dokumentacji praktycznych szkół, podzieliliśmy także na oprogramowanie:
Scigress - profesjonalny pakiet do obliczeń molekularnych, w którym prowadziliśmy jedną z Praktycznych Szkół Modelowania
Dodatkowo umieliliśmy:
- Ćwiczenia- są to zadania dla studentów, staraliśmy się, aby obejmowały tematy uniwersalne, czasami z humorem
- Zagadnienia - to przeróżny materiał z modelowania molekularnego, obejmujące różne zagadnienia, rozważania... po ruszanie po tym materiale wygodnie będzie możliwe ze względu na obliczeń.
Dla osób lubiących klasyczne materiały nie długo udostępnimy książki bez opłat.
Polityka prywatności
Niniejsza Polityka stanowi podstawową informację o celach, sposobach przetwarzania oraz bezpieczeństwie Twoich danych osobowych, jako użytkownika strony: molnet.eu. Zapoznając się z Polityką prywatności dowiesz się kto jest administratorem Twoich danych osobowych, jakie dane osobowe są przez administratora zbierane, w jakich celach są wykorzystywane oraz jak są chronione.
- Historia molnet
- Zwariowane kartki chemika na walentynki
- Witaminy A, B2, B5 -wizualizacja w ACDlabs
- Struktura zabawnych związków chemicznych
- Nanoludziki
- Chinina
- Biopaliwa
- Galeria - Barwniki spożywcze (E....)
- GaussSum
- Przygotowanie pierwszego pliku z obliczeniami
- Wstępna optymalizacja struktury za pomocą programu Molden
- Materiały multimedialne do programu Molden
- Zapisywanie do pliku w programie Molden
- Konstrukcja cząsteczki w programie Molden
- Molden -