|
I Praktyczna Szkoła Modelowania Molekularnego odbyła się 2009 roku, poniżej znajdują się informacje, część tych informacji dostępnych jest po zalogowaniu się. Zapraszam na II Praktyczną Szkołę Modelowania Molekulanrego 2010.
Praktycznej Szkoły Modelowania Molekularnego organizowanej przez portal molnet.eu oraz ICM dobiegła końca, wszystkim uczestnikom oraz osobom sprzyjającym przedsięwzięciu serdecznie dziękuję. Już w wkrótce będzie podsumowanie szkoły, jesteśmy w trakcie przygotowywania materiałów do publikacji. Następne edycje bedą przeprowadzone po opracowaniu i wydaniu materiałów.
Serdecznie dziękuje za współprace i spędzony czas.
Marek Doskocz
Nasza mała szkolna rodzina
Uczestnicy/obserwator/konsultanci/redaktorzy/patroni
1. mgr Agnieszka Murawska -uczestnik
2. mgr inż. Agnieszka Wydra -obserwator
3. mgr Katarzyna Nowicka -uczestnik
4. mgr inż. Lilianna Bryjko -redaktor
5. Mateusz Wolszczak - uczestnik
6. mgr Paweł Książek -uczestnik
7. Paweł Grabowski -uczestnik, redaktor
8. mgr Paweł Kalbarczyk -uczestnik
9. Wojciech Kopeć -uczestnik
10. mgr inż. Agnieszka Doskocz -uczestnik, redaktor
11. Zofia Dąbrowska -uczestnik
12. Piotr Kasprzycki -uczestnik
13. mgr farm. Jacek Kujawski -uczestnik
14. dr inż. Jacek Doskocz - redaktor
15. mgr inż. Karolina Gluza - uczestnik, redaktor
16. dr inż. Piotr Wojciechowski - redaktor
17. mgr inż. Dawid Gąszowski - redaktor
18. dr Krzystof Zborowski -konsultant
19. prof. Dobiesław Nazimek -konsultant do projektu
20. dr Ewa Banachowicz -redaktor
21. mgr inż. Małgorzata Litwin -uczestnik
22. dr inż. Marek Doskocz - kierownik, redaktor
rozwiązania internetowe - ADSOL.pl
patronat medialny: Fundacja NANONET, portal rozumiec.pl
uczestnik –osoba która podejmuje się projektu,
obserwator –osoba która uczestniczy jedynie w szkoleniu,
konsultanci –osoby które odpowiadają na trudne pytania, służą radą i pomocą,
redaktor – przygotowuje tekst, zajmuje się wykonaniem prezentacji na szkole.
... kolejność jest przypadkowa, jeżeli kogoś pominełem, lub popełniłem błąd, prosze o niezwłoczną informację o tym, także jeżeli ktoś chce się przyłaczyć, lista wciąż jest otwarta.
Forum Praktycznej Szkoły Modelowania Molekularnego (tylko dla uczestników szkoły, po zalogowaniu się)
Projekty
lista projektow nie jest jeszcze zamknieta, osoby zainteresowane proszone sa o wpisywanie sie w komentarzach pod projektem.
Wykłady:
Aktualne które polecane są do zapoznania się przez uczestników szkoły:
- Przywitanie
- Uwagi praktyczne 1
- Uwagi praktyczne 2
- Przygotowanie badan naukowych
- Skok
. - - - Bioinformatyka
- Modelowanie -za i przeciw
- Metody i bazy
. - - - Wielokonfiguracyjna Metoda Pola Samouzgodnionego - MCSCF
. - - - Metoda Pola Samouzgodnionego z Aktywna Przestrzenia - CASSCF
. - - - Metoda Sprzężonych Klasterów - CC
- Geometria czasteczk
- Przygotowanie obliczeń
- Molden podstawowe informacje
- Instalcja programu Molden oraz uruchamianie
- Pierwsze kroki - opis poszczegolnych funkcji programu
- Budowa Z-macierzy (link zewnętrzny z portalu www.molnet.eu)
- Konstrukcja cząsteczki
- Zapis do pliku
- Materiały Multimedialne (konstrukcja cząsteczki, zmiana sposoby wyświetlania, mierzenie odleglości oraz kątów)
- Optymalizacja -minimalizacja geometrii cząsteczki za pomocą programu molden
- Przygotowanie pierwszego pliku z obliczeniami
- Logowanie się do komputerów w ICM na których będziemy wykonywać obliczenia
- Przesyłanie plików
- Uruchamianie pierwszych obliczeń
- Dyskusja nad projektami - w trakcie
- Optymalizacja geometrii czasteczki
- -przeprowadzenie obliczeń optymalizacji
- -analiza wyników obliczeń
- Energia ΔE, ΔG, ΔH
- -przeprowadzenie obliczeń energii i interpretacja wyników
- -wielkość energii, przeliczanie energii
- Oddziaływania
- Obliczenia energii oddziaływań, błąd superpozycji bazy
- Kwasowość Bronsteda
- Powierzchnia energii potencjalnej (PES)
- -Praktyczne obliczenia powierzchni energii potencjalnej (PES)
- - - Wizualizacja wyników PES
- Zmiana kolejności atomów w Z-macierzy
- Mechanizmy reakcji
- -Stany przejsciowe
- -Produkty przejsciowe, katalizatory
- Jak liczyć mechanizmy reakcji chemicznych
- -produkty przejściowe
- -stany przejściowe (QST, QST2, QST3, PES)
- -weryfikacja, opracowanie danych
- Struktura elektronowa - NBO, MEP
|
